Nella prima metà del secolo XIII la capella S. Marie de Bonostallo aveva dato il nome ad una frazione del comune rurale di Carmignano (Liber Focorum, A, XV, a). Sul finire dello stesso secolo la chiesa è registrata tra quelle dipendenti dalla pieve di Carmignano (Decime, I; 1250, II, 1374). Nella prima metà del Quattrocento il patronato della ecclesia S. Marie de Buono Stallo era di Sinibaldo di Doffo de’ Lazzari, il quale per testamento la lasciò ai suoi eredi (BSP, LXXXV, 1983, Archivum Pistoriense, p. 117). Alla fine del Seicento il patronato era invece degli Operai di S. Iacopo (Chiese 1699, c. 58v).

La parrocchia fu soppressa nel 1903 quando fu sostituita da quella di Poggio a Caiano (cfr. la relativa scheda 108), ma nel 1922 fu istituita una nuova parrocchia sotto il titolo di S. Francesco d’Assisi (AVP, Beneficiali, n.s., 19, fasc. 8, decreto del vescovo Vettori del 10 Maggio 1922), a seguito della donazione al vescovo dei fabbricati dell’antica parrocchia da parte alla signora Corinna Landini (ibidem). La chiesa medioevale, già trasformata nel Seicento, era però inutilizzabile essendo stata suddivisa in case di abitazione subito dopo la soppressione del 1902. A sede della nuova parrocchia fu così adibito il vicino edificio settecentesco della Compagnia delle SS. Stigmate. Un’analoga proposta per lo spostamento della chiesa parrocchiale nella Compagnia era stata avanzata più di un secolo prima dal vescovo Ricci (ASF,Acquisti e doni, 185, Piccolellis‑Ricci, 2, 5). Il territorio della ricostituita parrocchia di Bonistallo è stato scorporato da quello di Poggio a Caiano.

BIBL. ‑ Repetti, I, p. 335.